Высокая Синагога была построена в 16-ом столетии с финансовой помощью Мордечая Мейзеля, мэра Еврейского Города. Фактически синагога не очень высока, ее название объясняется тем фактом, что молитвенный зал расположен на первом этаже, что необычно для 16-ого столетия.
В синагоге расположена выставка мантий Торы, занавесок, серебряных украшений, а также еврейский магазин на первом этаже музея.
